На початку XVIII ст. уряд Речі Посполитої розпочав широкий наступ на козацьку державність Правобережної України, а Палій припинив усілякі політичні відносини з королем та його підопічним, оголосивши свої володіння «вільною козацькою областю». На землях Київщини, східної частини Поділля та Волині влітку 1702 р. розпочалося повстання місцевого люду проти польської влади, яке сучасники порівнювали з подіями Української революції на чолі з Б. Хмельницьким. С. Палій разом з іншими правобережними полковниками публічно відмовився від протекції польського монарха й заявив про присягу «наймогутнішому Пану Царю Московському і Вельможному Його Милості Пану Гетьманові Мазепі».
Навесні 1702 р. у Фастові відбулася козацька рада, куди традиційно були запрошені представники інших прошарків українського суспільства — від православної шляхти (серед них одну з головних ролей відігравав волинський шляхтич, поет Д. Братковський), міщан (поряд з іншими їх репрезентував межигірський війт Ю. Косовський), нижчого духовенства (клеванський священик з Волині Іван). Від козацької старшини на раді виступили наказний гетьман Самусь, полковники С. Палій, З. Іскра та А. Абазин. Були вирішені наступні питання: по-перше, не поступатися Правобережжям без боротьби й проводити агітацію серед місцевого населення, щоб збирати сили для антипольського повстання: по-друге, захопити найсильнішу польську фортецю Біла Церква; по-третє, у ході повстання заявити про об’єднання з Лівобережною Україною й провести об’єднавчу козацьку раду.
Безпосереднім поштовхом до збройного виступу стало те, що великий коронний обозний (очевидно, не без дозволу самого короля) прислав до Богуслава свого представника й наказав відібрати у наказного гетьмана Самійла Івановича (Самуся) військові клейноди — булаву, бунчук, печатку і п’ять гармат. Така неповага переповнила чашу терпіння козаків та їхнього гетьмана, який відмовився віддавати свої атрибути влади полякам. Не стерпівши образи, Самусь, як засвідчує джерело, «... тих присланих поляка і жидів до смерті побив, а потім до Корсуня: губернатора тамошнього і драгунію скільки було і жидів всіх смерті віддав же, також і в Лисянці то учинив». Свої жорстокі дії по відношенню до місцевої польської шляхти й верхівки єврейського населення Самусь пояснював тим, що від місцевого українського люду постійно «чув відчай», а тому мусив боротися за їхні права, які протягом багатьох десятиліть утискалися політичною й торговельно-економічною владою східних воєводств Речі Посполитої.
Образи й прагнення повсталого козацтва (до яких долучилася й частина патріотично налаштованої православної шляхти та дрібного духовенства) були викладені гетьманом Самусем у документі під назвою «Маніфест до білоцерківської громади» та низці листів — до гетьмана І. Мазепи, представників лівобережної старшини та правобережного козацтва. Так, наприклад, у листі Самуся Івановича, «Гетьмана українського» (саме так він був підписаний) до козацької старшини Поділля від 7 вересня 1702 р. відзначалося: «...Цареві Московському і пану Гетьману Мазепі цілою душою присягнув... служити вірно на службі монаршій і регіментарській за весь народ православний Український, щоб від того часу ляхи з отчизн наших українських відійшли і вже більше на Україні не розпоряджалися...». Заява про підданство Петру І й І. Мазепі свідчила ні про що інше, як про бажання сполучити право- і лівобережну частини Українського гетьманства. Однак ні російський цар, ні його регіментар Мазепа не поспішали визнавати протекторат над правобережним козацтвом, з огляду на укладений «Вічний мир» між Польщею й Росією. Протягом серпня-вересня Самусь неодноразово писав і відсилав своїх представників до лівобережного гетьмана, прохаючи допомоги, але той відповідав, що без наказу російського монарха не може цього зробити. Мазепа хоча й хотів об’єднати Україну, але на той час Сподівався це зробити іншим шляхом — за допомогою міжнародних домовленостей Петра І й Августа II Сильного.
Розуміючи, що лівобережний уряд вагається щодо підтримки повстання, гетьман Самусь зібрав п’ятитисячне військо й вирішив самостійно атакувати Білу Церкву — 4 вересня він вже був біля її мурів. 12 вересня відбувся перший штурм, який завершився невдало, зважаючи на нестачу в козаків боєприпасів, озброєння та спеціальної техніки. Однак це не дуже засмутило Самуся, який вирішив досягти свого задуму мирним шляхом. Він звертається до білоцерківських міщан із закликом підтримати повстанців і перейти на їхній бік. «... Міщани не міщанами, через панщину велику милості не було. Вже і козак хоч найслухняніший, то нижчий у них, бо вже всім ярмо на шиї козацькі мали тією осінню остаточно бути», — вказував на причини свого збройного виступу Самусь. Якщо вся Україна від Дніпра до Дністра підніметься на «ляхів», то вони швидко опиняться за давньою польсько-українською межею («по р. Случ») і скрізь запанують «вольності козацькі», — агітував білоцерківців козацький провідник. Він вирішив більше не атакувати місто, тим самим даючи його міщанам та польському гарнізону певний час на роздуми. Залишивши декілька тисяч козаків біля стін Білої Церкви, Самусь разом з основними силами вирушає у напрямку Вінниччини для сполучення з брацлавським полковником А. Абазином (який перед тим відвоював Брацлав) і визволення від польської присутності подільських міст і містечок.
14 жовтня Самусь звернувся до великого коронного гетьман Є. Любомирського з листом, в якому говорив, що «вольностей згідно права нашого не маємо в Україні», а вже 26 жовтня повстанці розгромили коронні війська та частини посполитого рушення Я. Потоцького й Д. Рушиця під Бердичевом. Протягом жовтня-листопада козацькі підрозділи Самуся, А. Абазина, С. Палія, М. Омельченка, З. Іскри оволоділи такими містами, як Вінниця, Немирів, Котельня, Бердичів, Бихов, Бар, Дунаєвці, Шаргород, Буша, Рашків, Калюс та ін. Колишня столиця правобережних гетьманів Ю. Хмельницького, С. Куницького, А. Могили, Гришка містечко Немирів було атаковане з двох боків: самусеві козаки штурмували з півночі, абазинцеві — з півдня. Місцева залога боронилася три дні. Четвертого дня козаків підтримали міщани, які розпочали боротьбу з поляками в самому місті. Таким чином був опанований Немирів, звідки Самусь вивіз 12 гармат. Отже, зважаючи на попередні здобутки, козацька влада охопила протягом невеликого проміжку часу більшу частину Правобережжя Київщину, Східне Поділля й навіть окремі райони Західної Волині та Галичини.
Такий стрімкий розвиток подій занепокоїв польського короля і змусив його видати універсал до Самуся й «усього козацького війська» з наказом не «узурпувати» Україну, перестати бунтувати й розійтися по домівкам. Окрім того, пропонував направити українську войовничість проти спільного ворога — шведів, які на чолі з Карлом XII Густавом увійшли до Польщі. Також Август II Сильний обіцяв правобережному козацтву, що призначить спеціальних комісарів, які б вивчили (?) завдані йому «кривди». Начебто король не був ознайомлений з політикою утисків козаччини і взагалі українського люду в попередні роки! Саме тому Самусь вже не довіряв своєму колишньому патрону, який перед тим наказав відібрати у нього гетьманські клейноди.
А як реагував на тогочасні події в Україні інший впливовий монарх — російський цар Петро І? У грудні 1702 р. він звертається з Листом особисто до Самуся (якого називає «Самусь Іванов») та С. Палія й пропонує їм звільнити завойовані правобережні міста на користь поляків, при цьому зовсім нічого не згадуючи про можливість своєї протекції над Правобережною Україною. На початку наступного року в листі до Августа II Сильного цар писав: «Також що і не належало було нам, Великому Государю, до них, Самуся і Палія [писати], тому що вони піддані Вашої Королівської Величності і Речі Посполитої, про те паші, Великого Государя грамоти послали, щоб вони від цього злого бажання перестали». Отже, сподівання Самуся на підтримку російського монарха і втягнення Москви до українсько-польського конфлікту не справдилися.
Хоча віра повстанців і їхнього керівництва в «доброго православного царя» танула на очах, вони не збиралися відступатися від своїх задумів. Облога Білої Церкви, яка тривала з 2 вересня, завершилася капітуляцією польської залоги перед десятитисячним козацьким військом 10 листопада. До рук гетьмана Самуся і його прибічників потрапили великі трофеї: 28 гармат, 11 бочок пороху, 2 бочки сірки, 6 тисяч великих і 10 тисяч малих ядер, кількасот гранат, свинець, різна військова зброя, амуніція, припаси тощо. Того ж дня Самусь відсилає листа до І. Мазепи з повідомленням про взяття польської фортеці «українською зброєю» й пропонує останньому направити до Білої Церкви «якусь знатну надійну людину» на посаду коменданта та «людей з сотню — другу, які б перебували в місті на правах залоги». У цій справі лівобережний гетьман 20 листопада звертається за дозволом до Петра І, але натомість не отримує від царя ніякої відповіді.
Взяття Білої Церкви козацькими «військами стало кульмінацією у розгортанні повстання на Правобережній Україні. Вже на початку наступного, 1703 р., сюди вступає п’ятнадцятитисячна коронна армія на чолі з польним гетьманом А. Синявським. Він відвойовує в Самуся Бар, Хмільник, Немирів і починає підготовку до штурму Білої Церкви. Правобережний гетьман знову (вже вкотре!) звертається за військовою допомогою до Мазепи, але не одержує її в повному обсязі — лівобережний правитель Надіслав лише незначну кількість боєприпасів та грошей.
Зібравши розрізнені козацькі загони, Самусь вирішив дати бій польським хоругвам під Старокостянтиновим. Але більш чисельні сили супротивника під керівництвом Й. Потоцького та Я. Вишневецького розгромили повстанців, які втратили вбитими й пораненими близько півтори тисячі чоловік. За свідченнями сучасників, після цієї битви Самусь «в силі своїй став слабий». У січні-лютому 1703 р. козацький устрій на подільських землях був повністю розгромлений. Самусь разом з уцілілими підрозділами відходить до Білої Церкви, де разом з С. Палієм вирішує боротися до останнього. «Старшину бунтівників у більшій частині страчено, тільки Самуся не можемо дістати», — повідомляли у квітні того ж року польські воєначальники. У цей час гетьман та правобережні полковники укріплювали Білу Церкву, Богуслав, Фастів і Корсунь.
Розуміючи, що в цих старовинних козацьких містах повстанців буде перемогти важче, владні структури Речі Посполитої знову вдалися до дипломатичних заходів. Ще 12 січня Август II Сильний звертається до Петра І з проханням заборонити лівобережним козакам переходити на Правобережжя для допомоги Самусю (а такі випадки були непоодинокими), а також карати тих, хто вже взяв участь у повстанні. Російський цар відразу ж реагує на це звернення короля і 25 лютого відсилає до правобережної козацької старшини лист, в якому, зокрема, говорилося: «... а тобі, кінному Охотницькому Полковникові (Палію) і кінному Охотницькому Полковнику Самусю Іванову, якщо б і кривда яка з боку Його Королівської Величності від кого була, і про те довелося бити чолом Його Королівській Величності, і ті б всі противності заспокоєні були добрим охороненням заспокоєнням всенародним..., а від початого свого противного на сторону Королівської Величності наміри перестали...».
Крім того, між Польщею та Росією розпочинається переговорний процес, метою якого було укладання військово-політичного союзу. Поряд з повстанням на Правобережній Україні, причиною початку цих переговорів стало вторгнення до Речі Посполитої шведських військ Карла XII Густава, який мав далекосяжні плани щодо утвердження свого впливу в цьому регіоні Європи. 30 серпня 1704 р. польські та російські дипломати уклали т. зв. Нарвський трактат, згідно з яким «українське замішання» й «узурпація» влади козацькою старшиною мали бути придушені спільними зусиллями обох сторін, а цар отримує право ввести свої війська на Правобережжя.
Незадовго до цього, 1 січня 1704 р., Самусь спільно з 15 старшинами вирушив на Лівобережжя для зустрічі з І. Мазепою. Метою цього «посольства» була передача Самусем лівобережному регіментареві своїх клейнодів, а отже, такою дією було б визнано єдиного гетьмана з «обох боків Дніпра». Також «тогобічні» полковники хотіли просити Мазепу про гетьманські універсали для їхніх полків на Правобережжі. Спочатку Самусь побував у Переяславі, де мав зустріч з місцевим полковником І. Мировичем. Потому він рушив у напрямку Батурина й на деякий час зупинився в Ніжині. Саме тут його застав присланий Мазепою осавул з наказом гетьмана залишити привезені клейноди в Ніжині або забрати їх назад. Лівобережний гетьман відмовився їх взяти з огляду на те, що вони були надані польським королем і їхнє прийняття означало б порушення умов російсько-польського «Вічного миру». Таким чином, Самусю нічого не залишалося, як повернутися на Правобережжя.
Але невдовзі проблема об’єднання України під єдиною гетьманською булавою вирішилася зовсім іншим шляхом. У зв’язку зі шведською загрозою, Август II Сильний запросив Петра І надати йому посильну військову допомогу. Російський монарх у свою чергу наказав правителю лівобережного Українського гетьманства вирушити на Правобережну Україну для об’єднання з польськими військами. У травні 1704 р. здійснилася давня мрія І. Мазепи та Самуся про злучення «обох боків Дніпра» — лівобережні козацькі полки вступили на Правобережжя. Вже в 20-х числах травня Самусь разом з С. Палієм та З. Іскрою приєднався до підрозділів Мазепи. 15 червня в таборі поблизу Паволочі Самусь передав тепер вже «обосічному» гетьману свої клейноди — булаву, бунчук і королівський універсал на гетьманство. Так була завершена «друга Хмельниччина».
