Укріпившись як військова сила, козацтво наприкінці XVI ст. переходить до відкритої збройної боротьби проти польської шляхти. Першим організованим збройним виступом на шляху боротьби за державність українського народу стало козацько-селянське повстання під проводом Криштофа Косинського у 1591-1593 рр. У лавах повстанців воювало близько п’яти тисяч запорожців, а також певна кількість реєстрових козаків. Спочатку вони відбили у поляків Білу Церкву, Переяслав, Трипілля, а невдовзі атакують фортечні мури стольного Києва. Вже восени 1591 р. під владою козацтва опинилася вся Південна Київщина. Мешканці міст і сіл повинні були присягати на вірність козацькому «присуду» і давати «стадії» на козацьку організацію. Протягом наступного року адміністрація гетьмана К. Косинського володарювала на доволі великій території, що охоплювала більшу частину Київського і Брацлавського воєводств Речі Посполитої. Полум’я повстання поступово поширювалося на землі Волині та Поділля. Однак у лютому 1593 р. козацьке військо зазнало поразки під містечком П’ятка, що на Житомирщині. Це спонукало козаків Косинського повернутися на Запорожжя. Через деякий час вони знову намагалися оволодіти Черкасами, але гетьман К. Косинський був убитий у бою з підрозділами місцевого старости О. Вишневецького. Незважаючи на це, козацька старшина укладає договір з князем Вишневецьким, згідно з яким практично визнавалося привілейоване становище козацтва на землях Канівщини і Черкащини.
У наступні роки (з літа 1594 по літо 1595 рр.) українські козаки здійснили три великих походи до Молдавії і берегів Чорного моря, які були підвладні Османській імперії. Тут вони робили напади на такі могутні турецькі фортеці як Тягин (Бендери), Акерман (Білгород), Килія, Ізмаїл та ін. Окремі козацькі загони боролися й на інших театрах війни з турецькою експансією в Європу. Зокрема, підрозділи козацького ватажка Северина Наливайка воювали в Угорщині.
Саме С. Наливайко на чолі козацьких полків невдовзі розпочав першу справжню війну з польською владою за Україну. Протягом 1595-1596 рр. разом з гетьманом реєстрових козаків Григорієм Лободою і полковником Матвієм Шаулою він оволодів Брацлавом, Гусятиним, Баром, Каневом, Черкасами. Козацькі повстанці не лише захопили волинську столицю Луцьк та східні райони Галичини, а й поширили свою владу на частину Білорусії, де проживало православне населення. Зважаючи на те, що до козаків приєднувалося чимдуж більше українського гнобленого люду, польський король ввів в Україну велике військо на чолі з коронним гетьманом Станіславом Жолкевським. Після жорстоких сутичок і боїв, козацька армія зазнала поразки від переважаючого в декілька раз противника в урочищі Солониця біля полтавського міста Лубни. «Цар» С. Наливайко (а саме так називали козацького гетьмана в народі) разом зі старшиною після жорстоких тортур був страчений у Варшаві, але польська верхівка ще довго страхалася лише одного його імені, називаючи всіх українських козаків «Наливайками». Ця поразка не зупинила процесу утвердження козацького устрою на землях України, народ якої все більше вбачав у козаках захисників своєї батьківщини і рідної православної віри та переймався ідеєю створення козацької держави.
Початок XVII ст. ознаменувався появою на українській політичній арені людини, що змусила звернути до України погляди всієї Європи й своїми діями сприяла визначенню козацтва як окремої військово-політичної організації в державній системі Речі Посполитої. Цим видатним політиком, полководцем, дипломатом й українським діячем став гетьман Запорозького Війська Петро Конашевич-Сагайдачний. Він уславився успішними походами козацьких морських кораблів — «чайок» проти турок і татар, здобуттям ворожих міст в Криму та в Малій Азії. Продовжуючи славетні традиції князів давньої Русі-України, у 1615 р. П. Сагайдачний на чолі 80 чайок досягнув околиць столиці могутньої Османської імперії — Константинополя. Тут козаки спалили дві пристані, в битві з турецькою ескадою захопили декілька галер і навіть взяли у полон османського пашу. Зважаючи на такі успішні дії Війська Запорозького, йому за поданням Римського Папи було відведене почесне місце в антитурецькій «Лізі Міліції Християнства», центр якої знаходився у Західній Європі.
Гетьман П. Сагайдачний налагодив співпрацю з польськими державними органами, уклавши Ольшанську (1617) та Роставицьку (1619) мирні угоди між Військом Запорозьким та Річчю Посполитою. У 1618 р., під час польсько-російської війни, гетьман Сагайдачний на чолі 26-тисячної козацької армії спільно з військами королевича Владислава здобув російські міста Путивль, Єлець, Лівни і осадив Москву. Його подвиги були відзначені врученням із рук королевича меча, розкішно оздобленого золотом і коштовними діамантами з дарчим надписом. Заслугою видатного гетьмана стало переселення осередку козацтва до стародавньої української столиці — Києва. У 1620 р. разом з «усім Військом Запорозьким» він записався до Київського православного братства, яке, зміцнившись, утворило поважний центр української освіти — Київську колегію. Через десяток років навчальний заклад перетворився у значний осередок європейської культури — Києво-Могилянську Академію. По суті саме українське козацтво на чолі з П. Сагайдачним сприяло відновленню в Україні патріархом Феофаном православної ієрархії під керівництвом митрополита Йова Борецького.
Провівши військову реформу козацтва, перетворивши його на регулярну національну армію, П. Сагайдачний зробив великий внесок у захист кордонів під час наступу Османа II восени 1624 р. Очолювані ним козацькі полки (близько 40 тис. чол.) стали вирішальною силою у боротьбі проти поляків (60 тис. чол.) проти «бусурман» під Хотинською фортецею, неподалік від Кам’янця-Подільського. Виявляючи чудеса хоробрості й героїзму, українці вривалися у табір ворога, знищували живу силу противника, забирали зброю, боєприпаси і провіант. Сам гетьман під час битви був важко поранений, але продовжував керувати козацькими підрозділами. Хотинська битва стала провісником занепаду мусульманської Туреччини і вперше після Трансільванської битви продемонструвала на полі битви готовність двох великих слов’янських народів до спільної боротьби проти іноземних поневолювачів.
Поміж тим, польська влада всіляко опиралася збільшенню козацького реєстру, який після 1621 р. був обмежений до 3000 реєстрових козаків. Решті (т. зв. «випищикам») наказувалося негайно повернутися в підданство до колишніх панів і старост. У відповідь козацька старшина вимагає збільшення реєстру, впровадження щорічної плати, надання права проживати в шляхетських маєтностях, введення стацій на користь козаків та ін. Відмова правлячих кіл виконати ці вимоги викликала спалах визвольної боротьби в Україні, під час якої, сповіщав магнат С. Збаразький королю в липні 1625 р., козаків «явно і таємно підтримує все населення Київської землі і Білої Русі, а також міста...» На той час повністю покозачилися селяни і міщани Київського і Брацлавського воєводств, які фактично вийшли з-під юрисдикції коронної адміністрації. Коронний гетьман С. Конєцпольський отримує королівський наказ припинити масовий перехід українських міщан та селян в козацький стан. Польське каральне військо виступає у напрямі Білої Церкви, Черкас та Чигирина.
Головним чинником опору королівським військам знову виступає Запорозька Січ. Обраний запорожцями гетьман Марко Жмайло організовує збройний опір противнику. До нього приєднуються канівські та черкаські козаки. Разом вони дають бій ворогу біля р. Мошни, де отримують перемогу над окремими хоругвами С. Конєцпольського. Однак той з переважаючими силами просувався вглиб України. Козаки вирішують зупинити їх поблизу Куруківського озера в урочищі Ведмежа Лоза. Багатоденне військове протистояння (поляки оточили табір українців) завершилось підписаним 26 жовтня 1625 р. т. зв. Куруківської угоди. Згідно з її положенням всім учасникам повстання надавалась амністія, козацький реєстр збільшувався до 6 тис. осіб. Запорожцям заборонялося здійснювати походи в інші країни. Одна тисяча козаків мала постійно перебувати на Січі, решта — на волості. Тим, хто перебував на території королівських земель, дозволялося залишатися в статусі вільних землевласників, а ті реєстровці, які володіли землею з шляхетських маєтностей, мали повернути «неправильно придбану власність». За наслідками угоди реєстрове військо було поділене на шість полків, чим було закладено основу майбутнього адміністративно-територіального поділу Української держави у другій половині XVII—XVIII ст.
Однак, жодні угоди не могли вже зупинити розбурханої козацької стихії, які не вкладалися у ті рамки, що їх впроваджувала Польща. Введення в дію нового податку-подимного, побажання центральної влади офіційно легалізувати православну церкву, грабунки й знущання над місцевим населенням польських жовнірів, незадоволення реєстрових козаків умовами служби свідчили про назрівання нового народного повстання. Його у 1630 р. очолив гетьман українського козацтва Тарас (Трясило) Федорович. «Хто був козаком, і тих, хто ним хоче бути, щоб усі прибували вольностей козацьких заживали, віру благочестиву від замислів лядських рятували», — закликав він у своїх універсалах до народу. Тисячі селян, мешканців міст і містечок Подніпров’я, Брацлавщини, Волині і навіть Галичини приєднувалися до повстання війська та створювали загони народних месників. У ніч на 20 травня козацьке військо Т. Трясила отримує блискучу перемогу над С. Конєцпольським та М. Потоцьким під Переяславом.
Військове мистецтво українського козацтва дістає міжнародне визнання. Керівники ворогуючих коаліцій європейських держав під час Тридцятилітньої війни (1618-1648 рр.) докладали чимало зусиль, щоб схилити на свій бік козацьке військо. Влітку 1631 р. до України прибувають посли шведського короля Густава-фон-Адольфа, які схиляють запорожців до участі в складі військових сил антигабсбурзької коаліції на території Австрії. У 1644-1645 рр. представники козацької старшини вели переговори з представниками французького командування про участь українців у боротьбі Франції проти Іспанії. Окремі джерела засвідчують, що саме двотисячний загін запорожців допоміг французам відвоювати фортецю Дюнкерк.
Щоб обмежити зростаючий з кожним роком військовий і політичний потенціал Запорозької Січі, уряд Речі Посполитої будує в 1635 р. могутню фортецю Кодак, яка, розміщуючись перед дніпровими порогами, перепиняла шлях втікачам до козацької республіки. Але ні міцність фортечних мурів, ні кількість польського гарнізону та сила артилерії Кодаку не змогли встояти перед умінням та хитрістю гетьмана Івана Сулими, полки якого того ж року вщент зруйнували проектовану «заморськими» інженерами фортецю. Через два роки розпочинається нова козацька війна під проводом Павла Бута (Павлюка), який, незважаючи на наявність 23-тисячного війська та доброї артилерії, наприкінці 1637 р. отримує страшну поразку (загинуло близько 5000 козаків) від поляків під Кумейками, що на Черкащині. Прапор козацького повстання підняв заслужений полковник Дмитро Гуня. Але й він не довго його втримав. Програвши бій під Боровицею, він змушений був скласти присягу на вірність польському королю.
Незважаючи на величезні втрати, козацька вольниця не збиралася сдаватися на милість переможця. Обравши гетьманом Січі Якова Остряницю (Острянина), запорожці захоплюють Чигирин, Кременчук, поширюють свою владу на Східну Полтавщину. Але знову, як і в попередні роки, Польща надає для придушення чергового «українного» повстання добірні коронні війська. Після впертого бою поблизу м. Жовнин козацьке військо видало польному гетьману М. Потоцькому та князю Єремії Вишневецькому зброю, гармати й військові клейноди. Козацька рада, що відбулася восени 1638 р. в Києві, делегувала до Варшави послів, які мали скласти покори королю й вибачатися за минулі «свавілля». Варшавський сейм приймає постанову під назвою «Ординація Війська Запорозького реєстрового, перебуваючого на службі Речі Посполитій». Вона на «вічні часи» знищувала права козаків обирати старшину та мати власне судочинство. Шість тисяч реєстровців утратили майже всі свої привілеї й були переведені у статус звичайних прикордонних частин. Наприкінці лютого на Січі з’явився підрозділ кварцяного війська. Навіть містечко Трахтемирів, на яке у козаків була «довічна» королівська грамота, опинилось у руках польського магната С. Лаща. Не вписані до реєстру козаки неминуче мали стати холопами в соціальній структурі Речі Посполитої. Сучасники тих подій писали, що «шляхтичі всіляку свободу у козаків відняли і людям благочестивим тяжкі нечувані податки наклали». Однак наступне десятиліття (1638-1648 рр.) так і не стало перемогою польської політики щодо козаків, а, навпаки, підготувало грунт для наступних революційних подій.
Таким чином, доба козацьких воєн, яка хронологічно окреслюється періодом з кінця XVI ст. до середини XVII ст., стала передумовою для боротьби могутнього народу за свою незалежність, яка розпочалася 1648 р. Саме у ці бурхливі роки відбулося правове оформлення козацької організації. Українське козацтво остаточно сформувалося як військова верства. Традиції звичаєвого права стали основою для творення специфічних правил функціонування громади Запорозької Січі. Перенесення запорозьких традицій на інші українські землі збагачувало практику козацького права і знаменувало його поступ на якісно новий рівень.
