«2 серпня... ми прибули в селище, на ім’я Суботів, де звичайно жив покійний Тимофій, син гетьмана... Гетьман, його батько, щоб збільшити пишноту палацу, будує напроти нього, на узвишші, кам’яну церкву св. Ілії пророка. Ми відмітили в її будові декілька величезних каменів, величина яких викликала наш подив. На питання наші нам повідомили, що камені ці привезені з міста, що належало татарам, в п’яти милях звідси, де татари мали велику мечеть. Гетьман зруйнував її і відвіз камені для побудови з них цієї церкви». Ці рядки з подорожнього щоденника Павла Алеппського — одне з небагатьох свідчень сучасників про будівництво храму Святого Іллі в Суботові.
Іллінська церква в Суботові займає особливе місце серед шедеврів української архітектури не тільки тому, що є унікальною пам’яткою епохи національно-визвольної боротьби, але і тому, що є усипальнею Богдана Хмельницького. Вона, як і весь Суботів, тісно пов’язана з історією роду Хмельницьких.
У 1616 р. чигиринський староста Ян Данилович надав урочище Суботів у користування козацькому сотнику і підстарості Михайлу Хмельницькому, який заснував тут хутір і побудував млин. У 1620 р. Михайло Хмельницький загинув у битві на Цецорі, а його син Богдан потрапив в полон до турків. Повернувшись через два роки на батьківщину, Богдан успадкував батьківський хутір і виклопотав у короля Владислава IV грамоту, що затверджувала його у володінні Суботовим. Втім, навіть королівська грамота не була в змозі захистити в тогочасній Річі Посполитій права дрібного землевласника. Новий староста, Олександр Конецпольський, передав Суботів у володіння своєму улюбленцю Данилу Чаплинському.
Богдан відмовився віддавати свою батьківщину, і Чаплинський захопив Суботів насильно, вбивши сина Богдана і викравши його дружину. Хмельницький намагався знайти правду в суді, але суд відхилив його скаргу; навіть король виявився безсилим. Тоді Хмельницький втік на Січ. Його особисте горе злилося з горем всенародним. Тільки козацькі шаблі могли відновити правду в Україні.
Після вигнання поляків Суботів на короткий термін перетворився на багате і багатолюдне містечко. Богдан Хмельницький часто бував тут. Він побудував в Суботові великий будинок, обнесений подвійним валом, і дві церкви — Михайлівську та Іллінську. Руїни резиденції Хмельницького зберігалися аж до другої половини XIX ст.
Коли син Богдана Хмельницького Тиміш одружувався на дочці молдовського володаря Васіле Лупу Розанде (Роксане), гетьман надав суботівський будинок нареченим. Тут якийсь час гостював володар Васіле Лупу, тут в 1654 р. зупинявся антиохійський патріарх Макарій. Іллінська церква в Суботові стала фамільним храмом-усипальнею роду Хмельницьких: тут знайшов свій спокій син Богдана Хмельницького Тимофій, а в 1657 р. в її стінах був похований і сам гетьман.
Із старих церков Суботова уціліла тільки Іллінська — «Богданова церква», споруджена Хмельницьким в 1653 р. Вона збудована в стилі, який був перехідним від ренесансу до бароко. Найближчі її аналоги можна відшукати серед ранньобарочних споруд Франції, Бельгії, Німеччини. «Іллінська церква є прикладом оригінальної церковної споруди, — писав в 1905 р. дослідник української архітектури Г. Г. Павлуцький. — Тип її, очевидно, узятий із західних зразків, наприклад, кам’яних костьолів подібного роду, яких у той час було (та і тепер ще є) немало в Південно-Західному краї. Дійсно, церква, за загальним своїм розташуванням, носить звичайний характер тодішніх католицьких церковних споруд, тобто має умовну форму базиліку або довгастого чотирикутника, вівтар поміщається в півколі або абсиді, що має всередині і зовні шість граней».
Іллінська церква стоїть на горі, пануючи над селом. Монументальний вигляд будівлі підкреслюють гладкість стін з глибокими амбразурами вікон, невеликий портал, обрамлений напівколонками, маленькі вікна, бійниці в два яруси на західному фронтоні. Фасади церкви оформлені кутовими пілястрами, а західний і східний, до того ж, двоярусними фігурними фронтонами (східний не зберігся). У плані храм однонефний, з гранованою апсидою. У західній частині нефа влаштовані вузькі хори, що спираються на потрійну арку. Хід на хори і до бійниць на горищі розташований в товщі західної стіни. Перед вхідними дверима — довга, вузька і низька прибудова (паперть), що сполучає церкву з дзвіницею; ця прибудова, як і сама дзвіниця, збудована в 60-х роках XIX ст.
Могила не збереглася: у 1664 р. польський полководець Стефан Чарнецький захопив Суботів, розграбував і спалив містечко і, розоривши гробниці Богдана і Тимофія Хмельницьких, наказав спалити їх тіла. Нині місце поховання гетьмана відзначає мармурова плита, покладена тут вже у середині XX ст. Втім, існує бентежна гіпотеза, що прах Богдана був похований в таємному підземному склепі під церквою і, можливо, в недоторканності зберігається там дотепер.
