Руфина Нифонтова родилась 15 сентября 1931 года в Москве.
Ее отец Дмитрий Питаде был помощником начальника станции «Москва—Сортировочная», а мама Дарья Семёновна работала на ткацкой фабрике. Двое братьев Руфины - Александр и Борис - погибли во время Великой Отечественной войны, а третий брат, Вячеслав, остался жив.
Во время учебы в школе Руфина занималась актерским мастерством в драматическом кружке школы. Позже она рассказывала: «Я никогда и не думала о кино. Мечтала о театре. После седьмого класса я стала участницей драматического кружка. Первая роль — горничная Аннушка в пьесе Островского».
После окончания школы Нифонтова подала заявление в театральное училище, но ее туда не приняли. В Щепкинском училище за ее поступление проголосовала вся приемная комиссия, но председатель, актриса Вера Пашенная, сказала: «Эта рыжая и тощая будет учиться в Щепке только через мой труп. Она же все время басом читает! Кого она у нас играть будет? Мужчин? Так давайте лучше мальчиков талантливых наберем!» «Но девочка еще изменится!» — попытался убедить председателя один из членов комиссии. «Вот когда изменится, тогда пусть и приходит!» — ответила Пашенная. Тогда расстроенная Нифонтова попробовала поступить во ВГИК, но туда ее также не приняли.
Заплаканную девушку заметил в коридоре ВГИКа профессор Борис Бибиков и взял её на свой курс, где она училась в одной группе с Изольдой Извицкой, Юрием Беловым, Надеждой Румянцевой и Майей Булгаковой.
На втором курсе Руфина вышла замуж за Глеба Нифонтова, который учился на режиссерском факультете и был старше ее на 10 лет. Позже он начал снимать научно—популярное кино. В браке с Глебом Нифонтовым у Руфины Дмитриевны родилась дочь Ольга, позже окончившая ВГИК, и так же, как ее отец, ставшая режиссером научно—популярного кино.
В 1955 году Руфина Нифонтова окончила Всесоюзный государственный институт кинематографии и была принята в Театр—студию киноактера. Юрий Соломин рассказывал: «Она была очень хорошей трагической актрисой, глубокой. У нее было очень красивое лицо, потрясающие глаза. Впервые, когда я увидел фильм «Вольница», меня поразили именно глаза этой актрисы. Она, по—моему, тогда еще была студенткой ВГИКа. Поразили ее глаза, какие—то необыкновенные, глубокие, а потом оказалось, что глубина глаз зависит от глубины чувств. У Руфины был характер жесткий. Она никому не поддавалась, у нее было свое личное мнение. Мне не так много с ней пришлось играть, но 3—4 спектакля мы играли вместе. Хотя бы «Любовь Яровую», где она играла Любовь Яровую, а я — Ярового, «Нас где—то ждут», «Палата». Она не боялась в искусстве некрасивости. Она могла играть в спектакле Друце старуху. По—моему, ей было лет 40, когда она играла старуху, замечательная эта работа была — «Птица нашей молодости».
Руфина Нифонтова рассказывала: «Когда на «Мосфильме» шли съемки «Хождения по мукам», там же снимали спектакль Малого театра «Пигмалион». Однажды в коридоре ко мне подошел Михаил Иванович Царев и приветливо так спросил: «А не хотели бы вы, девушка, поиграть в Малом театре?» Но я, помня свою обиду, с вызовом спросила: «А что вы там ставите? И кто у вас там занят?» Михаил Иванович был человеком воспитанным и, на мое счастье, сделал вид, что не заметил вызывающего тона. Спокойно объяснил, что Малый театр ставит «Каменное гнездо». А моей основной партнершей будет... Вера Николаевна Пашенная. Так в 1957 году я пришла в Малый театр».
Актриса Нина Веселовская, сыгравшая роль Даши в фильме «Хождение по мукам», рассказывала: «Когда мы приступили к съемкам, Руфина уже была опытной киноактрисой. А я, в отличие от нее, полный новичок в кино. Камера, свет — все пугало, было непонятно, как себя держать на площадке. Нифонтова оказалась внимательным, чутким партнером. Знаете, далеко не все актеры любят раскрывать секреты мастерства, а Руфина мне очень помогла на первых порах своими профессиональными подсказками. Это дорогого стоит». Всего Руфина Нифонтова сыграла более 20—ти ролей в фильмах и более 10—ти ролей в телеспектаклях.
Руфина Нифонтова много работала на радио, принимала участие в многочисленных радиопостановках с Ростиславом Пляттом, Николаем Плотниковым, Георгием Менглетом, Татьяной Пельтцер, Олегом Стриженовым и Евгением Матвеевым. О своей профессии актрисы Руфина Нифонтова в интервью рассказывала: «Передача традиций настоящего русского драматического искусства, в котором бы сочетались высокая нравственность, гражданственность и художественный реализм, — это нить, тянущаяся от М.С.Щепкина к нашему поколению актеров. Старшее поколение заложило в нас святое отношение к сцене. Теперь ситуация изменилась. В театре много откровенной халтуры, безответственности, бездарности. Держать марку театра может и, главное, хочет отнюдь не каждый, и мне становится грустно от этого равнодушия вокруг. Время Щепкиных прошло, из старшего поколения остались в Малом только Е.Н.Гоголева и Н.А.Анненков. На них, прекрасных старых мастеров, в свои 90 лет выкладывающихся фантастически, и стремится публика. Поэтому, когда я слышу, что другие театры приглашают на постановки интересных режиссеров, когда я вижу их работы, мне обидно за себя, за свой театр. Уходит время, уходят наши актерские годы, а мы ничего не успеваем сделать. Ведь если есть Королевский шекспировский театр в Англии, почему Малый не может быть театром Русским национальным, представляющим классическую драматургию? Складывающаяся в стране духовная атмосфера отражается на искусстве сцены, на его взаимоотношениях с публикой. Исчез окружавший театр ореол, зрители идут в него не на встречу с прекрасным, а для того, чтобы забыть об окружающих их в жизни проблемах. Изменяются и люди театра: молодые актеры стали рациональней, они проще относятся к профессии. Такова цена нашего унизительного быта, глупостей, совершавшихся с благословения чиновников от культуры. »
В начале 1990 годов умер из—за проблем с сердцем брат Руфины Нифонтовой Вячеслав. Вскоре после смерти брата погибла дочь Вячеслава, занимавшаяся коммерцией. Ее ограбили, увезли в лес и убили. Нифонтова болезненно переживала эти трагические утраты. К этим переживаниям добавились проблемы с дочерью.
Ольга вышла замуж против воли родителей, так как будущий зять категорически не понравился ни Руфине, ни ее супругу. Но Ольга родила сына Мишу, и ее родителям пришлось смириться с замужеством дочери, хотя их конфликты с зятем не прекращались. После одного из скандалов, случившегося на даче, разозлившийся Глеб Нифонтов сел в машину и уехал в Москву. Но в дороге у него случились проблемы с сердцем, и его автомобиль врезался в грузовой МАЗ. Глеб погиб на месте.
Последние годы жизни Руфина Нифонтова жила одна. Ее дочь с семьей жили отдельно. Несмотря на то, что у Нифонтовой самой проявились проблемы с сердцем, актриса продолжала играть в спектаклях и репетировала новые роли.
27 ноября 1994 года Руфина Нифонтова приехала с дачи, сильно продрогла и хотела погреться в ванной, чтобы позже лечь спать. Вода показалась актрисе прохладной: она включила горячую воду, но через несколько минут потеряла сознание. Заметив потеки на потолке, соседи с нижнего этажа начали стучать в дверь, а потом позвонили дочери Нифонтовой. Когда Ольга с мужем приехали и открыли квартиру, на лестничную площадку хлынул кипяток. Помочь Руфине Нифонтовой было уже невозможно. Она буквально сварилась в кипятке...
Актриса похоронена на Ваганьковском кладбище.
