Хрущев испугался Жукова в июне 1957 года, когда тот будто бы пригрозил обратиться к армии, если участники «антипартийной группировки» будут противиться созыву Пленума ЦК. В действительности фраза Жукова: «Я бы обратился к народу и армии» присутствовала только в собственном жуковском рассказе о борьбе с «антипартийной группировкой», озвученном на активе Министерства обороны. Члены Президиума ЦК подобной фразы Жукова вспомнить не смогли, но от этого она не стала в их глазах менее крамольной. Даже если Георгий Константинович просто прихвастнул перед подчиненными, значит, подобные мысли у него в голове имеются. Широко распространено мнение, что это коварный Хрущев специально отправил простодушного Жукова с визитом в Югославию и Албанию на крейсере, чтобы иметь достаточно времени для подготовки его смещения, тогда как сам Жуков хотел лететь на самолете.
Однако опубликованные документы, связанные со смещением Жукова, свидетельствуют: маршал сам предложил избрать транспортным средством крейсер, чтобы по пути в Югославию провести рекогносцировку Черного и Средиземного морей. Но опаску против Жукова Хрущев всегда имел, причем еще задолго до схватки с Маленковым, Молотовым и Кагановичем. Сразу после XX съезда партии, в марте 1956-го, Никита Сергеевич назначил бывшего командующего Дальневосточным военным округом маршала Родиона Малиновского главнокомандующим сухопутными войсками и первым заместителем министра обороны. Хрущев прекрасно знал, что маршалы Жуков и Малиновский друг друга, мягко говоря, на дух не переносили. Малиновский на октябрьском пленуме вспоминал: «Когда Хрущев, Булганин и Микоян ехали из Китая, то я сказал им в Хабаровске, что Жуков опасный и даже страшный человек. Булганин сказал, что мы знаем его качества. Хрущев промолчал» .
«Я 30 лет работаю с Жуковым. Он самовластный, деспотичный, безжалостный человек. Я решил идти с ним работать. Решил: если он будет хамить, - я тоже буду хамить. Если будет ругаться - я буду ругаться. Будет драться - я ему дам сдачи».
Здесь Родион Яковлевич намекал на свою первую встречу с Георгием Константиновичем в 1929 году в Москве. Тогда Жуков радостно окликнул Малиновского: ««Здорово, ...твою мать!» Малиновский спокойно ответил: «Здорово, и твою мать так же». После этого будущий маршал Победы обратился к нему по имени и отчеству, но затаил злобу. Назначая Малиновского, Хрущев страховался от возможных попыток Жукова захватить власть. Ведь без командующего сухопутными войсками военный переворот осуществить трудно, поскольку он будет знать о передвижениях войск к столице. На октябрьском пленуме Хрущев сообщил, что Жуков под предлогом, что в составе КГБ и МВД имеются значительные по численности войсковые части, предлагал ему назначить главами этих министерств армейских генералов. В частности, главой МВД Жуков предложил назначить маршала Конева. Очевидно, Георгий Константинович считал Никиту Сергеевича значительно глупее, чем тот был на самом деле. Стремление маршала подчинить себе все силовые министерства Хрущев не мог расценить иначе, как подготовку к перевороту. Но виду не подал, лишь мягко отклонив кандидатуру Конева. А настоящий сигнал тревоги прозвучал тогда, когда Жуков находился с визитом в Югославии.
1 ноября 1957 года, выступая на партактиве Московской области, Хрущев вспоминал: «Уже в последние дни пребывания Жукова в Югославии, приходит в ЦК генерал Мамсуров. Это хороший генерал, волевой, родословная у него хорошая - старые большевики его родители. Это советский генерал и коммунист. Приходит он в ЦК и говорит: «Я хотел бы поговорить. Я получил новое назначение, но я еще ни разу не получал назначения, которое бы ЦК не утверждал. А тут меня в ЦК не утвердили, а мне сказали, что о деле, которое я буду организовывать должны знать только Жуков, Штеменко и я. Знает об этом ЦК или нет?»
Какое же задание ему дали? Ему дали задание организовать диверсионную школу, в которой 7 лет будут учиться. Солдат на всем готовом будет получать 700 рублей жалованья, сержант на всем готовом- 1000 рублей, офицер еще больше...
Мы инженеров учим 4,5-5 лет. А тут, чтобы диверсию организовать, надо 7 лет учить».
Узнав о формировании школы спецназа из более чем 2 тысяч курсантов под Тамбовом, откуда диверсантов при необходимости в считанные часы можно было доставить в Москву, Никита Сергеевич почувствовал непосредственную опасность. У Жукова появилась реальная воинская часть для переворота. Поэтому в последние дни визита Жукова в Югославию почти никаких материалов о нем не публиковалось в советской печати, поскольку уже было принято решение о его смешении. На пленуме Георгий Константинович пытался оправдаться, что он лишь объединил в школу роты спецназа, ранее созданные в военных округах, но был тотчас разоблачен Малиновским и другими военными, доказавшими, что роты спецназа так и остались в округах, а школу создавали из совсем других людей.
Таким образом, налицо были все элементы подготовки военного переворота: создание воинской части для его осуществления и попытка взять под свой контроль все силовые министерства. Несмотря на то, что до практического осуществления переворота дело не дошло, при Сталине имевшихся фактов было бы достаточно, чтобы поставить к стенке, как минимум, трех высокопоставленных военных: Жукова, Конева и Штеменко, которые под пытками наверняка бы признались, что являются германо-японо-американскими шпионами. Но Хрущев за вполне реальный заговор, едва не приведший ранее к его смешению с поста главы партии, ограничился исключением Маленкова, Кагановича, Молотова и других участников «антипартийной группы» из состава ЦК КПСС и назначением их на второстепенные государственные должности. В дальнейшем их исключили из партии и отправили на пенсию, но не посадили. В случае с Жуковым Никита Сергеевич отправил маршала в отставку с высокой персональной пенсией и с правом ношения мундира.
Больше всего из потенциальных заговорщиков пострадал Штеменко. Сергея Матвеевича понизили в звании с генерал-полковника до генерал-лейтенанта и сняли с поста начальника ГРУ, назначив заместителем командующего войсками Приволжского военного округа. А маршал Конев, осудивший Жукова на пленуме и написавший антижуковскую статью в «Правде», вообще отделался легким испугом, сохранив должности первого заместителя министра обороны и командующего объединенными войсками Варшавского договора. Хрущев хотел показать номенклатуре — теперь никого расстреливать и сажать не будут. Тем самым он подготовил свое падение в октябре 1964 года, но тем самым он также гарантировал себе то, что после свержения его не расстреляли, как Берию, а отправили на пенсию.